Son répertoire s’étend de la musique baroque (Didon et Enée et King Arthur de Purcell, Orféo de Gluck, le Messie de Haendel…) à la musique classique (le Requiem, Asciano in Alba de Mozart) et romantique (Abou Hassan de Weber, le Requiem de Brahms, l’Elixir d’Amour de Donizetti…).

Il a également abordé l’opérette avec la Belle Hélène d’Offenbach ou les Saltimbanques de Louis Ganne ainsi que la musique du XXème siècle en assurant la création d’une pièce de Luc Ferrari.

En tant que flûtiste, il est membre de l’Ensemble Pythagore – voué à la musique contemporaine – avec lequel il a enregistré plusieurs disques et donné de nombreux concerts à l’étranger (Japon, Finlande, Espagne, Italie, Portugal…) et pratique également la flûte baroque.

Michel Brun enseigne la flûte traversière et la musique de chambre baroque au Conservatoire à Rayonnement Régional de Toulouse.